Il Collegio di Direzione, che è organo dell'A.O.U.P, è presieduto dal Direttore Generale ed è composto dal Direttore Sanitario, dal Direttore Amministrativo, dai Direttori dei Dipartimenti ad attività integrata e da un rappresentante dei dirigenti delle professioni sanitarie.
Il Collegio di Direzione elabora proposte in materia di organizzazione e di sviluppo dei servizi e delle attività di ricerca e di innovazione per la valorizzazione delle risorse umane e professionali degli operatori ed esprime pareri relativamente all'integrazione e alla coerenza tra l'attività assistenziale e le attività di didattica e di ricerca.
Alle adunanze del Collegio di direzione può sempre partecipare il Rettore o suo delegato che non sia componente di diritto dell'Organo.
Possono, inoltre, partecipare su richiesta del Direttore Generale, con funzioni consultive e per le necessarie integrazioni su specifici argomenti, il Presidente della Scuola di Medicina o suo delegato che non sia componente di diritto dell'Organo, nonché i direttori dei dipartimenti universitari, afferenti alla Scuola stessa.
Il Collegio di Direzione è convocato dal Direttore Generale e può essere convocato anche su specifica richiesta di almeno un terzo dei suoi componenti.