L'Organo di indirizzo è composto da quattro membri, di cui uno è il Presidente della Scuola di Medicina, componente di diritto; gli altri componenti sono nominati, rispettivamente, uno dal Rettore e due dall’Assessore regionale per la Salute e sono scelti tra esperti di riconosciuta competenza in materia di organizzazione e di programmazione dei servizi sanitari.

Non possono fare parte dell'Organo di indirizzo dipendenti dell'A.O.U.P. né altri componenti della Scuola di Medicina. L'Organo d'indirizzo è presieduto da un Presidente scelto all'interno del medesimo, nominato dalla Regione d'intesa con il Rettore. Il Direttore Generale dell'A.O.U. P. partecipa ai lavori dell'organo senza diritto di voto.

L’Organo di indirizzo ha il compito di proporre iniziative e misure per assicurare la coerenza della programmazione generale dell’attività assistenziale dell’Azienda con la programmazione didattica e scientifica delle università e di verificare la corretta attuazione della programmazione. L'Organo di indirizzo relaziona annualmente all'Assessore e al Rettore in ordine all'attuazione del presente Protocollo.