La missione dell'A.O.U.P. consiste nello svolgimento integrato e coordinato delle funzioni di assistenza, di didattica e di ricerca, al fine di assicurare elevati standard di assistenza sanitaria nel servizio sanitario regionale, di accrescere la qualità dei processi di formazione, di sviluppare le conoscenze in campo biomedico e tecnologico, valorizzando, altresì, in via paritaria le funzionie le attività del personale ospedaliero e di quello universitario.

Come previsto dall'art. 3 del D. Lgs. n. 517/1999, l'organizzazione interna dell'A.O.U. è definita, d'intesa con il Magnifico Rettore dell'Università degli Studi di Palermo, mediante l'adozione dell'atto aziendale.

L'Organizzazione dipartimentale ad attività integrata (DAI) rappresenta il modello ordinario di gestione dell'Azienda Ospedaliera Universitaria ed è fondata sul principio di eguaglianza di diritti e di doveri del personale universitario e aziendale nell'espletamento delle attività assistenziali.

I protocolli d'intesa siglati tra Regione e Università ogni tre anni individuano principi, criteri e modalità attraverso le quali l'Azienda ospedaliera universitaria concorre sia alla realizzazione dei compiti istituzionali dell'Università sia al raggiungimento degli obiettivi della programmazione sanitaria regionale.